A cél egyszerű: győzd le az ellenfeledet, mielőtt ő győzne le téged. Egy játékos azonnal elveszíti a párbajt, ha az Életereje 0-ra csökken, ha nem tudja biztosítani egy kijátszott varázslat teljes Mana-igényét, vagy ha olyan helyzetbe kerül, amikor Mana Italra lenne szüksége, de már nem tud többet inni. A párbaj végén a vesztes végrehajtja a játék elején közösen elfogadott, biztonságos és játékosbarát büntetést.

A játék megkezdése előtt a játékosok megállapodnak egy büntetésben, amelyet a vesztes hajt végre a párbaj végén. A büntetés csak akkor érvényes, ha minden játékos elfogadja. Ezután külön meg kell keverni a varázslatkártya-paklit és a varázstárgy-paklit. Mindkét játékos 7 varázslatkártyát és 5 varázstárgyat kap. A játék elején minden játékos egyszer élhet varázslatcserével: legfeljebb 2 varázslatkártyát nyíltan az elhasznált lapok közé helyezhet, majd ugyanennyi új varázslatkártyát húzhat. Mindkét játékos az alábbi értékekkel kezdi a párbajt: Életerő: 10 Mana: 5 Kimerültségi szint: 1 A maximális értékek: Életerő: 10 Mana: 10 Kimerültségi szint: 5

A Duel of Wizards egyik játékosbarát sajátossága, hogy a kezdő támadó nem egyszerű kocka dobással dől el. Az első támadó az a játékos lesz, aki gyorsabban megérinti ellenfele orrát. Ha egyik játékos sem próbálkozik, akkor az lesz a védekező, aki először megérinti az ellenfele fülét. Ha a játékosok nem szeretnének fizikai érintést használni, közös megegyezéssel bármilyen más gyors döntési módszert is választhatnak.

A Duel mód körökre osztott játék. Minden körben az egyik játékos támadó, a másik védekező szerepben van. Egy teljes kör négy fő részből áll: 1. Előkészületi fázis 2. Csatakör 3. Kiértékelés 4. Szerepcsere A kör végén a szerepek felcserélődnek: aki támadott, a következő körben védekezik, aki pedig védekezett, támadóvá válik.

Az Előkészületi fázis minden szerepcsere után következik. Ebben a fázisban a játékosok frissíthetik a kezükben lévő lapokat, Manát szerezhetnek vissza, és hosszabb távú taktikai döntéseket hozhatnak. Az Előkészületi fázisban mindig a támadó játékos cselekszik először, majd a védekező játékos következik. A játékosok több lehetőség közül választhatnak: kártyacsere, újralapozás alacsony kézszám esetén, Mana Ital fogyasztása, illetve Mana visszanyerése varázslat megsemmisítésével. A kártyacsere során a játékos 2 varázslatkártyát nyíltan az elhasznált varázslatok közé helyez, majd 1 új varázslatkártyát húz. Ha egy játékos kezében 1 vagy 0 varázslatkártya maradt, újralapozhat: addig húz, amíg újra 7 varázslatkártya nem lesz a kezében. Ez azonban 1-gyel növeli a Kimerültségi szintjét. A játékos Mana Italt is fogyaszthat, amely azonnal +4 Manát ad, de a Mana értéke nem haladhatja meg a 10-et. Dönthet úgy is, hogy végleg megsemmisít egy varázslatkártyát Mana visszanyerése érdekében. Ilyenkor a lap kikerül a játékból, a játékos pedig annyi Manát kap, amennyi a megsemmisített varázslat Mana-igénye lett volna.

A csatakörben a támadó és a védekező játékos titokban kijátssza a kártyáit. A támadó játékos először opcionálisan lehelyezhet 1 varázstárgyat fedve, majd lehelyez 1 támadó varázslatot fedve. Ezután a védekező játékos is opcionálisan lehelyezhet 1 varázstárgyat fedve, majd lehelyez 1 védekező varázslatot fedve. A játékosok csak a szerepüknek megfelelő típusú varázslatot használhatják. Ha valaki szándékosan ettől eltérő lapot játszik ki, az már az Illúzió szabályrendszeréhez tartozik.

Miután mindkét játékos lehelyezte a kártyáit, következik a felfedés. Először mindig a támadó játékos fedi fel a kártyáit. Ezután a védekező játékos fedi fel a saját kártyáit.

A felfedést követően a játékosok biztosítják a kijátszott varázslatok Mana-igényét. A Mana csak a varázslatok megidézéséhez szükséges. A varázstárgyaknak nincs Mana-igényük. Ha egy játékos olyan varázslatot fed fel, amelynek teljes Mana-igényét nem tudja biztosítani, azonnal elveszíti a párbajt. Ez minden esetben érvényes: tévedés, feledékenység vagy túl kockázatos döntés esetén is. Kivételt jelenthet, ha egy aktivált varázstárgy azonnal és teljes mértékben fedezi a hiányzó Manát. Utólagos Mana Ital fogyasztására azonban nincs lehetőség.

A Mana biztosítása után következik az összecsapás kiértékelése. A támadó és a védekező varázslat erőértékét össze kell hasonlítani. Ha a támadó varázslat erőértéke nagyobb, a támadás sikeres. Ha a támadó erőértéke kisebb vagy egyenlő, a védekezés sikeres. Sikeres támadás esetén a védekező játékos Életerőt veszít. Az elveszített Életerő mennyisége megegyezik a védekező játékos aktuális Kimerültségi szintjével. Sikeres védekezés esetén nem történik Életerő-vesztés. A támadás hatása megszűnik, vagy bizonyos varázslatok esetében különleges hatás léphet életbe.

A kör végén a kijátszott varázslatok az elhasznált varázslatok paklijába kerülnek, a kijátszott varázstárgyak pedig az elhasznált varázstárgyak paklijába. Ha egy húzópakli kiürül, az adott típus elhasznált lapjait újra kell keverni, és vissza kell helyezni a húzópakliba. Ez alól kivételt jelentenek a megsemmisített varázslatok. Ezek nem kerülnek vissza a játékba. A lapok kezelése után a játékosok szerepet cserélnek: a támadó védekezővé válik, a védekező pedig támadóvá. Ezután új kör kezdődik az Előkészületi fázissal.

A párbaj azonnal véget ér, ha egy játékos Életereje 0-ra csökken. A játékos akkor is elveszíti a párbajt, ha nem tudja biztosítani egy kijátszott varázslat teljes Mana-igényét, vagy ha olyan helyzetbe kerül, amikor Mana Italra lenne szüksége, de már nem tud többet inni. A párbaj végén a vesztes végrehajtja azt a biztonságos és játékosbarát büntetést, amelyben a játékosok a játék elején közösen megállapodtak. A Duel mód győzelme nem pusztán azon múlik, ki idézi meg az erősebb varázslatot, hanem azon is, ki tud okosabban gazdálkodni a Manával, a lapjaival, a Mana Italokkal és a saját Életerejével.