A háromjátékos mód a Duel of Wizards kétjátékos szabályrendszerére épül. Ha egy szabály ebben a módban nem kerül külön módosításra, akkor a kétjátékos Duel mód szabályai változatlanul érvényesek. A legfontosabb különbség, hogy minden csatakörben egy támadó játékos két védekező játékossal néz szembe. A támadó egyetlen támadó varázslatot játszik ki, amely mindkét védekező ellen érvényesül. Ez a varázslat egyszer kerül kijátszásra, egyszer igényel Manát, de két külön összecsapásban kerül kiértékelésre.

Minden csatakörben 1 játékos támadó, a másik 2 játékos pedig védekező szerepben van. A szerepek minden körben fix sorrendben cserélődnek. Például három játékos esetén: kör: J1 támad, J2 és J3 védekezik. kör: J2 támad, J3 és J1 védekezik. kör: J3 támad, J1 és J2 védekezik. Ezután a sorrend a játék végéig folyamatosan ismétlődik.

A csatakör felépítése alapvetően megegyezik a kétjátékos móddal, de a támadás két védekező ellen hat. A támadó játékos opcionálisan lehelyezhet 1 varázstárgyat fedve, majd kötelezően lehelyez 1 támadó varázslatot fedve. Mindkét védekező játékos egymástól függetlenül hajtja végre a védekezését. Mindketten opcionálisan lehelyezhetnek 1 varázstárgyat fedve, majd kötelezően lehelyeznek 1 védekező varázslatot fedve. A védekező játékosok nem látják egymás választásait a felfedésig, és döntéseiket egymástól függetlenül hozzák meg.

A felfedés során először a támadó játékos fedi fel a lapjait. Ezután a két védekező játékos fedi fel a saját lapjait. A védekezők a felfedés sorrendjét szabadon eldönthetik. A felfedést követően minden játékos biztosítja a saját kijátszott varázslatának Mana-igényét. Ha bármelyik játékos nem tudja biztosítani a kijátszott varázslata teljes Mana-igényét, azonnal elveszíti a játékot.

A támadó varázslat külön-külön kerül kiértékelésre mindkét védekező ellen. A két összecsapás egymástól független. Lehetséges, hogy mindkét védekező sikeresen védekezik, de az is előfordulhat, hogy csak az egyikük védekezése sikeres, míg a másik sebzést szenved. Az is megtörténhet, hogy a támadás mindkét védekező ellen sikeres. Ebben az esetben mindkét védekező külön szenvedi el a támadás következményeit.

Bizonyos hatások több célpont esetén különösen fontosak. A Sötét varázslatok hatása célpontonként külön kerül kiértékelésre. Ha a támadás csak az egyik védekező ellen sikeres, a hatás csak rá aktiválódik. Ha mindkét védekező ellen sikeres, mindketten elszenvedik a hatást. Ha az egyik védekező sikeresen visszaveri a támadást, a visszaverés csak az ő összecsapására érvényesül. A másik védekező elleni összecsapás ettől függetlenül folytatódik. Illúzió használata esetén az ellenfelek a normál szabályok szerint észlelhetik a megtévesztést. Ha az Illúziót leleplezik, az Illúziót használó játékos viseli a következményeket.

Ha egy játékos Életereje 0-ra vagy az alá csökken, azonnal kiesik a játékból, és minden további hatása megszűnik. A csatakör és a játék azonban folytatódik a még életben maradt játékosok között. Ha az egyik védekező kiesik egy összecsapás során, a másik védekező elleni kiértékelés ettől függetlenül végigfut. A játék addig tart, amíg csak egy varázsló marad életben.

A háromjátékos mód kiegyensúlyozottsága érdekében bizonyos kártyák nem használhatók ebben a játékmódban. A játék megkezdése előtt el kell távolítani a pakliból: minden Vérmágia típusú varázslatot az „Élet őrzője” nevű varázstárgyat Ezek a korlátozások segítenek megőrizni a háromjátékos mód egyensúlyát és játékélményét.

A háromjátékos mód jelentősen növeli a stratégiai mélységet, a pszichológiai nyomást és az erőforrás-gazdálkodás fontosságát. A támadó egyszerre két ellenfél döntéseivel szembesül, míg a védekezőknek mérlegelniük kell, hogy maximálisan védekeznek, vagy inkább erőforrásokat tartalékolnak a következő körre. Ez a mód különösen jutalmazza a pontos időzítést, a megfigyelést és az erőforrások hosszú távú kezelését.